1938년 케냐에서 태어났다. 당시 케냐는 영국의 식민지였으며, 청소년기에 마우마우 무장독립운동을 겪은 응구기는 초기 작품들에 당시의 경험을 투영했다. 식민지 엘리트 중등학교였던 얼라이언스 고등학교를 졸업한 후, 우간다의 마케레레 대학교에서 영문학을 전공했다. 영국의 리즈 대학교에 입학한 1964년에 영국 식민 치하의 케냐를 사실적으로 묘사한 첫 장편소설 《울지 마, 아이야》를 발표했다. 이 소설로 호평을 받은 응구기는 작가로서 국제적 명성을 얻게 됐다. 1965년에 《사이로 흐르는 강》을, 1967년에 《한 톨의 밀알》을 출간하고 나이로비 대학교 영문학과 교수로 임용됐다. 1977년에 케냐의 신식민주의 문제를 파헤친 《피의 꽃잎들》을 발표하고, 키쿠유어 연극 〈결혼하고 싶을 때 결혼해요〉를 상연한 후 정치적 탄압으로 1년간 투옥되기도 했으며, 옥중에서 《십자가 위의 악마》(1980)를 집필했다. 결국 1982년 미국으로 망명하여 예일 대학교, 뉴욕 대학교 등의 교수를 역임했고, 1987년 《마티가리》를 발표했다. 2004년 소설 《까마귀의 마법사》를 출간하고 22년 만에 케냐로 귀향했으나 정치적 테러를 당한 후 다시 미국으로 돌아갔다. 로터스문학상(1974), 노니노국제문학상(2001), 전미도서비평가상(2012), 니콜라스기옌문학상(2014) 등을 수상했으며, 2009년에는 맨부커상 후보에 오르기도 했다. 노벨문학상의 대표적인 후보로 손꼽히는 응구기는 2016년 현재 캘리포니아 대학교에서 비교문학 특훈교수로 재직 중이다.